На Linux потенційно небезпечна для файлів користувача кожна програма, яка запускається від нього (або його групи) тому такі файли часто мають потребу в chmod +x для запуску.
Щодо Windows, якщо у вас немає Wine то наврят варто переживати, хіба що бінарник спеціально написаний для виконання шкідливих програм в середовищі Linux (відкриття в редакторі, архіваторі тощо)
Коли існує ризик то запускайте такі програми через віртуалку VirtualBox / QEMU, LXC або через Wine Bottles.
А краще - користуйтесь вільним ПЗ і збирайте програми з початкового коду, як це прийнято в Gentoo.